Andra delen av Mass Effect Foundation behandlar närmare Jacob och Miranda, Jack, samt Maya Brooks, och avrundas med två kortare historier som inte ingår i huvudhistoriern, en om Joker och en om Blasto.
De tre första historierna är närmast sätt att placera ut personer på brädet inför Mass Effect 2: vad som fick Jacob att gå med i Cerberus (och varför de behövde Liaras hjälp för att vinna tillbaka Shepards kvarlevor), hur Jack blev infångad så att hon kunde läggas i kryostas, och varför Brooks inte syntes till mer än innan hon dök upp, och hur hon fick syn på klonen. Även historien om Joker kan läggas till dessa, men handlar istället om hur han tog jobbet som pilot på Normandy SR1.
Den sista historien är en fånig bagatell av det snitt man kan vänta när Blasto är inblandad. Det säger dock en del om serien i stort att den inte är mycket fånigare än en del annat – i synnerhet historien om Brooks är lite småkorkad, och även den om Jacob och Miranda är inte helt klar, även om den är bäst tecknad (förutom i aktionsekvenserna). Den om Jack kunde man både ha och mista, även om den har en klar fördel i att man får se Kai Leng åka på spö, vilket är trevligt,
